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與世界其他國家一樣，日本公司也有很多類型，而這些公司類型既可以從注冊方式上劃分，也可以從組織類型上劃分。而不同的劃分方式，也帶來了不同的商業(yè)效果。從注冊方式上來看，日本公司可以劃分為法人、分店及代表處。這三種注冊方式各自的特點為：
1、日本法人
注冊為日本法人，就是以公司或個人名義，在日本設(shè)立一家全新的公司，并以此公司為平臺開展相關(guān)業(yè)務(wù)。而該公司的組織形式，也可以選擇注冊為株式會社（股份有限公司）或有限責(zé)任公司。
在日本注冊為法人的優(yōu)勢十分明顯，由于株式會社是日本商業(yè)社會中常見的公司組織形式，因此能夠獲得較多的社會信任，并能以該公司名義在日本開立賬戶。當(dāng)株式會社發(fā)展至一定階段，還可以向公眾發(fā)行股票，在資本市場上市，以獲得更多資本的支持。而株式會社及有限責(zé)任公司在日本法律中被視為“法人”，因此這類型的日本公司其法律責(zé)任不會波及境外法人或本國投資人（即公司持有人僅承擔(dān)有限責(zé)任）。
2、日本分店
在日本開設(shè)分店（分公司）也是在日本開展業(yè)務(wù)的方式之一。依據(jù)日本現(xiàn)行的法律法規(guī)，日本允許境外法人以在日本設(shè)立分店的形式，開展日本境內(nèi)的業(yè)務(wù)。與注冊為日本法人一樣，日本分店也可以開立日本銀行賬戶，并在合法范圍內(nèi)開展商務(wù)活動。
但日本分店從法律關(guān)系上來說，是境外法人組織的一部分，因此在向日本進(jìn)行稅務(wù)申報活動中，將以境外法人的資本總額為基數(shù)，從而帶來較高的稅務(wù)支出。同時，如果某境外法人在日本注冊的分店涉及法律事務(wù)，也將波及到境外的法人實體。
3、日本辦事處
與中國內(nèi)地一樣，日本也承認(rèn)“辦事處”這一特殊商業(yè)行為（但辦事處的設(shè)立無需向日本提出注冊），而辦事處原則上也不允許開展實際營業(yè)活動，但允許進(jìn)行信息收集、廣告宣傳、采購物資、市場調(diào)研等非經(jīng)營性工作。
由于辦事處不允許實際經(jīng)營，因此也不能在日本銀行開立賬戶，但其代表者可以開立私人賬戶。與此相對的，日本辦事處的商業(yè)信譽。
