掃描電鏡在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有廣泛的應(yīng)用，主要應(yīng)用于細(xì)胞或組織樣本表面超微結(jié)構(gòu)的觀察分析，例如細(xì)胞表面結(jié)構(gòu)，氣管，腸道，皮膚、納米藥物、生物醫(yī)學(xué)材料、細(xì)菌、真菌等。

掃描電鏡的焦深比透射電子顯微鏡大10倍，比光學(xué)顯微鏡大數(shù)百倍。由于圖像景深大，因此掃描得出的電子像富有立體感，具有三維形態(tài)。相較于其他顯微鏡，能夠提供更多的信息。

掃描電鏡的特點(diǎn)是：
①、觀察試樣為不同大小的固體（塊狀、薄膜、顆粒），并可在真空中直接進(jìn)行觀察。
②、試樣應(yīng)具有良好的導(dǎo)電性能，不導(dǎo)電的試樣，其表面一般需要蒸涂一層金屬導(dǎo)電膜。
③、試樣表面一般起伏（凹凸）較大。
④、觀察方式不同，制樣方法有明顯區(qū)別。
⑤、試樣制備與加速電壓、電子束流、掃描速度（方式）等觀察條件的選擇有密切關(guān)系。