進口原材料受天氣、國際市場變化等因素影響。今年以來日益的全球糧食危機對國際生物燃料產生了直接影響。生產工藝不成熟。現有成熟工藝存在著燃料穩(wěn)定性不夠或潤滑性差等缺點。

產品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會購買一定數量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產還將產生外部間接成本。

打破生物燃料現狀的途徑作為一種新興的能源生物燃料，現階段完全取代航空煤油是不現實的。歸根結底，使用哪種燃料取決于成本。因此，在技術不斷突破的前提下，如何建立完善的產業(yè)，大規(guī)模降低成本，是生物燃料發(fā)展的關鍵。

例如，為了監(jiān)督廢油的去向，促進廢油的回收和利用，英國已迫使餐館安裝烹飪廢油回收系統(tǒng)；荷蘭廢油回收由資助，降低了生物航空燃料精煉企業(yè)的高回收成本；在日本，廢油由回收公司回收，并由購買。如果生物燃料要完全取代石油產品，不僅需要解決成本問題，還需要建立一個完整的生物燃料供應鏈。

微藻作為光合的光合生物之一，能提供大量非食物可再生生物質能，積累大量脂類，并能生產生物燃料。某些產油微藻的脂肪酸總量可達干重的50%~90%。更重要的是，微藻含有豐富的生物活性物質，可在制備生物燃料的同時進行值的綜合利用，相對降低微藻采油成本。

20世紀70年代，美國能源部為了發(fā)展可持續(xù)能源，對微藻進行了大規(guī)模的收集、篩選和鑒定，終獲得了300多種產油微藻，即脂類占細胞干重20%以上的微藻。其中，小球藻微球菌的脂比高達68%。據估計，藻類的年產油量可達到每公頃養(yǎng)殖面積15000至80000升。